Với quy mô phân phối rộng khắp, tháng 06/2021, SaVipharm đã thành lập Trung tâm phân phối đặt tại Trụ sở chính (Lô Z01-02-03a, KCN nằm trong KCX Tân Thuận, Phường Tân Thuận Đông, Quận 7, TP Hồ Chí Minh) và 04 Trung tâm cung ứng vùng trải dài từ Bắc tới Nam bao gồm: trung tâm cung ứng miền Bắc, trung tâm cung ứng miền Trung, trung tâm cung ứng Đông Bắc - Sài Gòn, trung tâm cung ứng miền Tây. Đặc biệt, với sự ra đời của 14 chi nhánh mới, sở hữu các kho phân phối đạt tiêu chuẩn thực hành tốt phân phối thuốc (GDP), phân phối hàng hóa đến từng công ty dược, nhà thuốc, đại lý, các cơ sở y tế từ Tỉnh/Thành phố xuống các Huyện, xã/phường và thị trấn, sứ mệnh cung ứng hàng hóa rộng khắp đến đối tác, người tiêu dùng cả trong và ngoài nước.
Hệ thống phân phối của SaVipharm được trang bị cơ sở vật chất đồng bộ và các phần mềm hiện đại như : phần mềm bán hàng và xử lý đơn hàng (DMS), phần mềm quản trị kho phân phối (WMS), nhằm tối ưu thời gian và phương thức xử lý đơn hàng theo hướng chuyên nghiệp hóa.